Desa Malinau Kota merupakan sebuah kecamatan yang juga menjadi pusat pemerintahan atau ibu kota dari Kabupaten Malinau, Provinsi Kalimantan Utara, Indonesia. Sejarah Desa Malinau Kota dapat ditelusuri dari sejarah Kabupaten Malinau secara keseluruhan. Pada awalnya, Malinau adalah sebuah kawasan pemukiman yang dihuni oleh suku Tidung Daerah ini kemudian berkembang menjadi kampung, kecamatan, dan saat ini menjadi ibu kota kabupaten Malinau.
